כמו הרופא הממחה כשרוצה לרפאות איזה חלי שבאדם, אי אפשר לידע בשלמות מהות החלי ורפואתו כי אם כשבקי היטב ב'חכמת הנתוח', ויודע כל פרטי קומת האדם ותכונת כל אבריו וגידיו ועורקיו בשלמות, ואיך כל האיברים הפנימיים והחיצונים ערוכים ומסדרים זה אצל זה, ותכונת פרקיהם וקשריהם וחבוריהם איך כל אבר ועצם וכו' מקשר ומחבר זה בזה וזה בזה על ידי קשרי הגידים והעורקים וכו', ואיך הדמים רצים בהם, ושאר כל תכונת הגוף הכלולים בחכמת הנתוח, ואז דיקא כשהרופא בקי בכל זה היטב, אז יכול לכנס להבין מהות החלי ולעסק ברפואתו:
כמו כן צדיקי הדור האמתיים העוסקים ברפואת חלי נפשות ישראל, אי אפשר להם לעסק ברפואתם כי אם כשיודעין בשלמות מהות חלי הנפש. וזה על ידי שיודעין בחינת תכונת 'קומת אדם העליון', שהוא בחינת תכונת 'קומת התורה' שנקראת 'אדם', כי התורה היא בחינת קומת האדם, שהם רמ"ח מצות עשה ושס"ה מצות לא תעשה, שהם כנגד רמ"ח איברים ושס"ה גידים שבקומת אדם, וכמו שהאברים והגידים שבאדם ערוכים ומסדרים וקשורים זה בזה כנ"ל, כמו כן צריכין לידע בבחינת קומת התורה סדר הקשר והחבור של כל 'רמ"ח מצות עשה' ו'שס"ה מצות לא תעשה', וכל המצות דרבנן הכלולים בהם לידע היטב איך הם ערוכים ומסדרים ומקשרים זה בזה וזה בזה, ואז יכולים לידע סגלת כל מצוה ומצוה ומדה ומדה, לאיזה רפואה היא מסגלת ביותר ואיך לרפאות חלי הנפש:
ואז דיקא כשממשיכין חדושי תורה כאלו שיודעים על ידם בחינת תכונת קומת התורה כנ"ל, אז יכולין להמשיך הדרך הקדוש 'לעשות מתורות תפלות', הינו שנוכל לשפך לבנו כמים נכח פני ה'[262] לקים מצוה זאת, בכדי שנזכה על ידי זה למדה טובה זאת, ועל ידי זה נזכה לבא לתקון דבר זה ולמדרגה זאת. כגון לקים 'מצות ציצית' בשלמות, בכדי שנזכה על ידי זה להנצל מ'הרהורי נאוף ומזהמת הנחש מעצת רשעים', ונזכה על ידי זה לקים 'עצת צדיקים', ועל ידי זה יהיה נחקק בנו 'אמת', ונזכה ל'אמונה שלמה ולתפלה ולנסים ולארץ ישראל', וכיוצא בזה בשאר מצות התורה. וחדושי תורה כאלו נמשכין מבחינת 'אוריתא דעתיקא סתימאה' שהיא בחינת 'שרש התורה הקדושה', ושם שרש של ה'שלש עשרה מדות שהתורה נדרשת בהם'[263], שהם כלל כל חדושי התורה שממשיכין הצדיקים, ושם גם שרש של ה'שלש עשרה מדות של רחמים' שהם כלל שרש של סדר התפלה שהיא 'רחמים ותחנונים'. ועל כן על ידי הצדיקי אמת שממשיכין חדושי תורתם משם, על ידי זה ממשיכין זה הדרך לעשות מחדושי תורתם תפלות, שזה עקר שלמות התפלה כמבאר בפנים: (ראש חודש ה, ו טז)